民国成立后，各政党社团林立丛生。蔡锷从国家统一出发，曾参加统一共和党，并被推为总干事。在国家内忧外患的条件下，他认为“本党主义，务以国家为前提。……天赋人权之说，只能有效于强国之人民，吾侪焉得而享受之？”由此强调“国权为拥护人权之保障”，“苟国家能跻于强盛之林，得与各大国齐驱并驾，虽牺牲一部之利益，忍受暂时之苦痛，亦所非恤”。这种偏重国权、轻视民权的观点，在当时显然有利于业已篡夺政权的袁世凯。正因如此，当宋教仁酝酿把同盟会与统一共和党、国民公党、国民共进会、共和实进会等合并改组为国民党时，蔡锷首倡军人不党主义，进而倡议解散各党，并声明脱离统一共和党。
民国二年3月20日，国民党代理理事长宋教仁被人刺杀身亡。4月，袁世凯向英、法、德、俄、日五国银行团举行“善后大借款”。孙中山和一部分国民党人决定武装讨袁。7月，江西、广东、福建、湖南、重庆纷纷宣布独立，“二次革命”爆发。蔡锷反对“二次革命”，曾建议袁世凯、黎元洪及北京政府“一面添重兵驰赴战地，分头截剿，早日扑灭，以免星火燎原。”8月，熊克武在四川重庆宣布独立，他遵照袁世凯的指令，派兵入川会剿；只是由于“二次革命”很快失败，他的部队才没有与反袁军直接冲突。