最终比尔·盖茨取得了与IBM合作的机会，而且在许可权收益的问题占了上风。他不但保持了MS-DOS的所有权，可以获得许可权收益，而且他还可以将软件的源代码许可给其他方使用。由于得到了IBM公司的认可，MS-DOS操作系统很快就成为除苹果电脑以外所有微机的选择。IBM销售的机器越多，MS-DOS的影响就越大。
与IBM的这次合作，微软有了一个飞跃式的进步，正如比尔·盖茨所说：“我庆幸被IBM选中，这是我们的机会。否则，也许我们要在巨人的阴影下挣扎很长时间。”在与IBM的合作中取得巨大成功后，苹果公司又成了微软实现腾飞的一个阶石。
苹果和微软的第一次合作开始于1985年10月24日，恰逢乔布斯被逐出苹果之后，两家正式签下合同：苹果同意如果微软继续为之生产软件（如电子表格软件等），就允许其使用部分苹果图形界面技术。不幸的是3年后这次合作结束，起因是微软在Windows2.0.3中使用了与苹果电脑相似的苹果图标，为此苹果公司向微软和惠普公司提出诉讼，控告它们侵犯了自己的版权，这场官司持续了6年，直到1993年8月24日，法庭才正式裁定Windows2.0.3不构成侵权。在这次合作后，微软拥有了图形化界面的操作系统Windows，也正是因为这个操作系统，比尔·盖茨成为世界首富。