外国人在我国申请商标注册可以通过三种方式办理：
（1）按双边协议办理。
目前我国已经与美国、日本、英国、德国等三十多个国家签订了商标注册双边协议，这些国家的自然人或者企业在我国申请商标注册，可以按照双边协议办理。
（2）按对等原则办理。
对等原则指申请人所属国与我国在办理商标注册时彼此给予同等待遇。
（3）按共同参加的国际条约办理。
我国先后于1985年3月、1989年10月、1995年9月加入了《保护工业产权巴黎公约》、《商标国际注册马德里协定》和《商标国际注册马德里协定议定书》。这些国际条约的成员国的国民可以按照这些国际条约的规定到我国申请商标注册。
《商标法》第18条还规定，外国人、外国企业在中国申请商标注册和办理其他商标事宜的，应当委托国家认可的具有商标代理资格的组织代理。目前，国家认可的商标代理组织有中国国际贸易促进委员会、中国专利代理（香港）有限公司、重庆市商标事务所、上海东方商标事务所等多家代理机构。