3.传道在东洋
初到日本的朱之瑜受到了极多的关照，特别是学生安东守约，除了常常登门求教，还把自己一半的俸禄都慷慨赠送。靠着这些资助，朱之瑜的生活总算安顿下来。但他的内心极度痛苦：永历皇帝朱由榔在昆明殉难。郑成功虽然光复台湾，再造抗清根据地，但旋即也英年早逝。抗清的大局，越发不可为。
坏消息一个个传来，朱之瑜的心头也接连伤悲，客居日本后，每当想起故国沦丧，他常常在夜深人静的时候切齿哭泣。儿子写信给他，告知生活困顿，他回信谆谆教诲，说就算做哪一行都过不下去，就算饿死也不能做清朝的官。他自己也打算这么做，客居日本的几年里，他基本都是深居简出。到了永历十九年（1665），手头有了点积蓄，他打算买几亩地，从此躬耕度日，不问世事。