清兵将吴三桂的家人全部捉拿，康熙下令将吴三桂的儿子吴应熊、他的孙子吴世霖斩首示众。接着康熙帝作出了出兵平叛的计划，为了便于掌握情报，他命人在全国布置了通信网，这样一来，各地的战况可以及时传到京城，并且便于下达命令。
康熙帝认为吴三桂的势力最大，野心也最大，便果断采取措施，对平南、靖南二藩软硬兼施。一方面派兵去攻打，另一方面下降书。耿精忠本来造反的决心就不大，一看朝廷出动大队人马前来平息，心里很惊慌。两军刚一交战，耿精忠就吃了败仗，他节节败退，一看大势已去，便投降了。康熙帝决定恢复他的爵位，仍镇守福建。广东的尚之信一看清军压城，也投降朝廷。
三路叛军，只剩下吴三桂，他已被孤立起来。康熙帝命令胡拜、赵赖带领清军围剿吴三桂。清军作战勇猛，吴三桂节节败退，吴三桂在内外交困中病死。三藩叛乱平定后，康熙加强了对三藩的控制，增强了皇帝的权威，巩固了国家的统一。